Фундаментальный анализ служит целям определения реальной ("справедливой") стоимости компании. Абсолютная оценка стоимости компании, как правило, производится из расчета стоимости предприятия в зависимости от ожидаемых доходов за будущие периоды функционирования компании, приведенных к текущему периоду.

Одной из основных практических задач фундаментального анализа является также выявление наиболее недооцененных акций, обладающих наивысшим потенциалом роста в длительной перспективе. Общепринятой практикой является сравнение фундаментальных показателей компании со среднерыночными показателями. Таким образом, определяется степень недооценки компании по отношению к отрасли в среднем.

При фундаментальном анализе акций обычно используют сравнительные показатели оценки акций - EPS (earnings per share, или доход на акцию), P/E-ratio (соотношение рыночной цены акции и дохода на акцию), Net assets per share (чистые активы на акцию) и т.д.